Для этого используется системная хранимая процедура xp_cmdshell.

Запуск этой процедуры по умолчанию запрещен. Чтобы включить эту возможность нужно выполнить следующий код:

Включение разрешения изменения расширенных опций.
EXEC sp_configure 'show advanced options', 1
GO
Обновление текущих настроек расширенных опций.
RECONFIGURE
GO
Включение возможности запуска внешних программ.
EXEC sp_configure 'xp_cmdshell', 1
GO
Обновление текущих настроек для запуска внешних программ.
RECONFIGURE
GO

Для запуска bat-файла :

EXEC master..xp_cmdshell ‘c:test.bat’